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办的综合性医药卫生类学术期刊。该刊1959年创刊，1966停刊，1975复刊，复刊时刊名为《吉林医科大学学报》，1978年随学校更名改为《白求恩医科大学学报》，由于2000年白求恩医科大学合并到新吉林大学，2002年刊名变更为《吉林大学学报(医学版)》。经过50年的发展，《吉林大学学报(医学版)》现已成为在国内外享有一定学术地位和影响的科技期刊。其办刊宗旨是遵循党和国家的办刊政策及法规，报道医学科学研究的新理论、新方法和新技术，促进医学科学的发展和国内外的学术交流。
《吉林大学学报(医学版)》为双月刊，全年刊发约300篇文章(不包括短篇报道)，其中省级以上基金资助项目论文占80%以上。在基金资助项目中国家重点科技攻关项目、国家863计划项目、973计划项目及国家自然科学基金项目占很大比例。近年逐渐增加了校外优秀论文的刊发数量。
《吉林大学学报(医学版)》栏目设置有：基础研究、临床研究、临床医学、影像学、调查研究、技术交流、综述、短篇及个案报道等
